Alcune delle aree naturali protette regionali della Romagna, attraverso la L.R. 24/2011, sono raccolte sotto l'organizzazione di un unico soggetto amministrativo chiamato "Ente di gestione per i Parchi e la Biodiversità-Romagna", permettendo di tutelare il territorio attraverso politiche di area vasta, affiancando alla protezione della natura la valorizzazione delle specificità legate al turismo, alla cultura, all'agricoltura e ai prodotti tipici.
Questo Ente, attraverso le proprie strutture e con il coinvolgimento di altri enti pubblici locali, gestisce diverse aree naturali protette e siti di Rete Natura 2000.
Tra queste troviamo il "Parco regionale della Vena del Gesso Romagnola", le tre Riserve naturali "Bosco della Frattona", "Bosco di Scardavilla" e "Onferno", un Paesaggio naturale e seminaturale protetto del fiume Conca, due Aree di riequilibrio ecologico di "Rio Calamino" e "Rio Melo" e quattro siti di Rete Natura 2000.
Il Parco regionale della Vena del Gesso Romagnola, che rappresenta la più importante area carsica della Regione e una delle formazioni geologiche più rilevanti dell'intero Appennino settentrionale e dell'intera Europa, conta più di 220 grotte. Quelle visitabili al pubblico sono la Tanaccia, in comune di Brisighella, e la grotta del Re Tiberio in comune di Riolo Terme.
Le ultime scoperte speleologiche hanno inoltre portato alla luce alcune cave romane di lapis specularis: un gesso secondario, facilmente lavorabile a lastre piane e trasparenti, già utilizzato in epoca imperiale per la costruzione di finestre. Tra queste, la cava di Ca' Toresina.
L'Ente gestisce, altresì, la Riserva naturale di Onferno in provincia di Rimini. La grotta di Onferno, nota fin dall'inizio del XIX secolo, è di gran lunga la cavità più conosciuta nella Romagna orientale. La Riserva tutela un piccolo complesso carsico nei gessi e altri ambienti del composito paesaggio della bella Valle del Conca, come le pareti arenacee, i vicini calanchi e altre manifestazioni carsiche come doline e inghiottitoi, e boschi. La principale emergenza è la grotta che si apre sotto lo sperone gessoso dove nel medioevo sorgeva il castello di Onferno e che ospita la più importante colonia di pipistrelli della regione, oltre 8000 individui, con ben sette specie diverse, tra cui il miniottero, considerato in pericolo in tutta Europa.
Le Riserve naturali Bosco della Frattona, in provincia di Bologna, e Bosco di Scardavilla in provincia di Forlì-Cesena poi, tutelano lembi di bosco di notevole valore naturalistico e paesaggistico, relitti delle formazioni forestali che un tempo rivestivano l'intera fascia pedecollinare romagnola, dove trovano rifugio specie vegetali e animali ormai rare.
